El Presidente de la Junta Directiva es nombrado por el Presidente de la República.
Ocho Directores, cuatro propietarios y cuatro suplentes, son nombrados por el Órgano Ejecutivo en los ramos de Obras Públicas, Hacienda, Economía y Defensa Nacional.
Cuatro Directores, dos propietarios y dos suplentes, son nombrados por el Órgano Ejecutivo en el ramo de Obras Públicas, de dos ternas que para el efecto le son presentadas así: una por los agricultores e industriales organizados en asociaciones reconocidas legalmente; y la otra por los comerciantes organizados y reconocidos en la misma forma. Para tal fin, el Ministerio de Obras Públicas califica esas asociaciones por medio de un acuerdo.
La Junta Directiva ha nombrado como su secretario de actas al Gerente General de CEPA.
La Junta Directiva de CEPA, de acuerdo a su Ley Orgánica vigente, está integrada por un Presidente y doce Directores, nombrados en la forma siguiente:
El Presidente de CEPA es el Lic. Alberto Arene.
Los Directores Propietarios son: Lic. Nelson García, Lic. Giovanni Berti Lungo, Ing. Roberto de Jesús Solórzano, General Jaime Leonardo Parada González, Ing. Nelson Edgardo Vanegas Rodríguez y Sr. Francisco José Ricardo Cruz Moreno
Los Directores Suplentes son: Lic. Ronny Rodríguez, Dr. Reynaldo Boulogne Zamora, Lic. Roberto Alonso Turcios, Contraalmirante Juan Antonio Calderón González, Ing. Emérito de Jesús Velásquez Monterrosa y Sr. Ricardo Antonio Ballesteros Andino.
Asesor de Junta Directiva es el Dr. Porfirio Díaz.
Secretario de Actas es el Lic. Salvador Villalobos.
